Фамилия Филяюшкин образована от имени Филяюшка — так в старину ласково называли мальчика или мужчину, носившего одно из двух греческих имён: Филипп или Филимон. Филипп переводится как «любитель лошадей» или «наездник», а Филимон — как «верный, надёжный». Оба имени часто встречались в святцах: в православной традиции известно десять святых покровителей имени Филипп и пять — имени Филимон, поэтому имена были широко распространены на Руси.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на гласный. Так от уменьшительного Филяюшка возникло притяжательное прилагательное «Филяюшкин», то есть «сын, потомок Филяюшки». Подобная схема — от уменьшительных форм имён через суффикс -ин — дала множество русских фамилий, и Филяюшкин стоит в этом ряду.

Сам уменьшительный формант -юшк- придаёт имени оттенок особой теплоты и фамильярной нежности. В крестьянской и мещанской среде такие формы были обычным делом: полное имя в быту почти не использовали, а вот его уменьшительные варианты закреплялись за человеком настолько прочно, что переходили его детям уже как фамилия.

Интересно, что у Филяюшкина есть целый «куст» родственных фамилий, образованных от тех же имён: Филюшкин, Филякин, Филимонов, Филиппов. Но если Филиппов и Филимонов прямо указывают на полную форму имени, то Филяюшкин, Филюшкин и подобные сохранили именно народную, разговорную традицию именования. По фамилии можно предположить, что предок носителя жил в среде, где ценилась простота и близость, — вероятно, это была крестьянская или посадская семья, где уменьшительные имена были нормой.

Точных сведений о географии фамилии или о конкретных исторических носителях нет, но сам тип фамилии — с суффиксом -ин и основой на -юшк- — указывает на центральные и северные русские земли, где такие формы были особенно распространены.