Фамилия Финнэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Первое, что бросается в глаза, — финальное «э», абсолютно нетипичное для русских фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ин, -ский или -их. Такое окончание указывает на заимствованную основу, скорее всего, из западноевропейских языков, где буква «э» на конце слова встречается часто (например, во французском).

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от этнонима «финн». В русской традиции называть человека по национальности было обычным делом: так появились Немцовы, Татариновы, Грековы. Однако в данном случае к основе «финн» добавили не стандартный русский суффикс -ов или -ин, а сохранили иноязычное окончание. Это могло произойти двумя путями. Первый: фамилия пришла в Россию в готовом виде из другой культуры — например, от финнов-ингерманландцев или шведов, у которых фамилии на -е встречаются. Второй: русский носитель получил прозвище Финн, а затем, при оформлении документов (особенно в западных губерниях или среди обрусевших немцев), запись исказили или сознательно русифицировали, добавив характерное для тех мест окончание.

Географически фамилия Финнэ может быть связана с регионами, где исторически жили финно-угорские народы — Карелией, Ленинградской областью, Прибалтикой. Если предок был выходцем из Финляндии или имел финские корни, его могли записать по месту происхождения именно с таким окончанием. Встречаются также варианты написания через одно «н» — Финэ, что ещё больше запутывает этимологию.

Версия о происхождении от личного имени маловероятна: в славянском именослове имени Финн нет. Не стоит искать в этой фамилии глубокий метафорический смысл — она, скорее всего, «географическая» или «этническая», указывающая на происхождение носителя. Носителей фамилии сегодня крайне мало, и в основном они сосредоточены в крупных городах, куда мигрировали в XX веке.