Фамилия Фишаков — редкий случай, когда прозвищное имя, лёгшее в основу, почти наверняка связано с рыбой, но не напрямую. Вопреки ожиданию, это не «сын рыбака» и не «сын Фишака» в значении «рыба». Слово «фишак» в русских говорах имело конкретное значение: так называли мелкую рыбёшку, чаще всего уклейку или пескаря, а в некоторых областях — вообще любую мелочь, идущую на наживку или уху. Человек, получивший прозвище Фишак, мог быть невысоким и худощавым, либо, напротив, заниматься ловлей именно такой рыбы — не промысловой, а для местного обихода.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Фишаков — сын Фишака. Фамилия образована в XV–XVII веках, когда прозвища активно переходили в наследственные именования. Географически она тяготеет к северным и центральным областям России, где слово «фишак» было в ходу — в архангельских, вологодских, костромских говорах. В южных регионах, где рыбу называли иначе, фамилия почти не встречается.

Интересная деталь: у фамилии есть омонимичные варианты в других славянских языках. В польском и белорусском «fiszka» — это фишка, жетон, а в украинских диалектах «фішак» — заноза или колючка. Но для русской фамилии Фишаков основным остаётся «рыбное» объяснение, подтверждённое и словарём русских народных говоров, и фамильными архивами — в писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне Фишаки именно в Поморье.

В XIX веке носители фамилии фиксируются преимущественно среди государственных крестьян и мещан. Дворянских родов Фишаковых нет — фамилия осталась простонародной, что типично для прозвищ, образованных от названий мелкой живности. Сейчас она редка, и встретить её можно скорее в Вологодской и Архангельской областях, чем где-либо ещё.