Фамилия Фисуненком — яркий пример южнорусской и украинской модели образования фамилий с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, чрезвычайно распространённый на территории современной Украины и в южных регионах России, изначально имел значение «сын» или «потомок» (как в сербском -ич или польском -ович). Таким образом, Фисуненком буквально означает «сын Фисуна» или «потомок Фисуна».

Основа фамилии — Фисун — скорее всего, является прозвищем. Здесь есть две основные версии. Первая: прозвище могли дать человеку, который занимался изготовлением или продажей фитилей (фитиль в старину называли «фис» или «фисун»). Вторая версия, более вероятная для южных территорий, связывает основу с диалектным словом «фису́н» — так в некоторых говорах называли хвастуна, фанфарона или человека, который любит пускать пыль в глаза. Слово могло произойти от глагола «фисунить» (важничать, рисоваться).

В написании Фисуненком обращает на себя внимание конечная буква «м». Это не ошибка, а историческая особенность. В украинском языке суффикс -енко в косвенных падежах (родительном, дательном) имеет форму -енком. В русских документах и переписях населения эту форму часто фиксировали как основную, особенно если носитель фамилии был записан «под диктовку» в церковной книге или ревизской сказке. Поэтому фамилия могла закрепиться в форме Фисуненком, хотя по происхождению она идентична более привычной Фисуненко.

Географически фамилия тяготеет к юго-востоку Украины и югу России, особенно к территориям бывшей Слобожанщины (современные Харьковская, Сумская области, а также Белгородская и Воронежская области России). Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её относительно позднем (не ранее XVII–XVIII века) закреплении и узком ареале.

Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим. На Слобожанщине фамилии на -енко активно формировались именно в среде черкасов (переселенцев из-за Днепра) и служилых людей, которые составляли основу местного населения. Никаких дворянских или боярских корней у фамилии Фисуненком не прослеживается — это типичная фамилия простого сословия, образованная от бытового прозвища.