Фамилия Фисуненко — яркий пример восточнославянской фамилии, образованной по украинской модели. Суффикс -енко (в безударной позиции часто произносится как -энко) — один из самых распространённых фамильных формантов в Украине. Изначально он указывал на родство по отцу: «сын такого-то» или «потомок». Человек с фамилией Фисуненко — это, буквально, «сын Фисуна».

Ключ к пониманию фамилии — основа Фисун. Это прозвище, которое могло возникнуть несколькими путями. Самый вероятный — от глагола «фисувать» или диалектного «фысувать», что означает «хитрить», «лукавить», «изворачиваться» или «жеманничать». В южнорусских и украинских говорах слово «фисун» (или «хысун») закреплялось за человеком хитрым, себе на уме, иногда — за тем, кто любит прихорашиваться, рисоваться, «финтить». Это прозвище давали не столько за внешность, сколько за поведение и склад характера.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с украинским словом «фис» — так в некоторых диалектах называли фисташку или мелкий орех. В этом случае прозвище Фисун мог получить человек маленького роста или щуплого телосложения — по аналогии с размером орешка. Однако эта гипотеза уступает первой по частотности: прозвища по чертам характера встречаются в ономастике гораздо чаще, чем ботанические метафоры.

Фамилия Фисуненко — относительно редкая. Она не принадлежала к дворянским родам, а бытовала в среде крестьян, казаков и мещан Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). Модель на -енко в XVII–XVIII веках активно вытесняла более старые формы на -ов/ев, поэтому Фисуненко — фамилия позднего средневековья или раннего Нового времени. Её носители, скорее всего, были потомками казацкой старшины или вольных поселян, получивших прозвище за свою сметливость и изворотливость.

Примечательно, что в русском языке фамилия часто искажалась: при переписях и в документах XIX века суффикс могли «обрусить» до Фисуненков, а саму основу — записать как Фысуненко. Встречается и параллельная фамилия Фисун, от которой и пошла ветвь Фисуненко. Все эти варианты — звенья одной цепи, ведущей к прозвищу хитроватого или франтоватого предка.