Фамилия Флатова образована от прозвища Флат, которое, по одной из версий, происходит от топонима Флатов (Flatow). Местечки с таким названием расположены в Бранденбурге и Мекленбурге. Также Флатов является немецким названием польского города Злотов, которое находится в Великопольском воеводстве. Вполне возможно, что фамилия Флатова содержит указание на место жительства основателя рода. Согласно другой гипотезе, фамилия Флатова имеет латинскую основу и восходит к слову flatus, которое в переводе на русский язык означает «дуновение, веяние, порыв», «игра на флейте». В таком случае прозвище Флат мог получить музыкально одаренный семинарист. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия Флатова формировалась под славянским влиянием. Среди наиболее известных однофамильцев - Альфред Флатов (1869 — 1942) - немецкий гимнаст, трижды чемпион летних Олимпийских игр 1896 года.