Фамилия Флатова звучит для русского уха непривычно, и это первый ключ к её разгадке. В её основе лежит прозвище или имя Флат, а суффикс -ов ясно говорит: формировалась она уже на славянской почве, когда чужое имя или прозвание адаптировали под местные модели. Вопрос лишь в том, что именно означало это исходное слово.

Самая убедительная версия связывает прозвище Флат с географией. В Германии, в землях Бранденбург и Мекленбург, есть местечки Флатов (Flatow). Кроме того, Флатов — это старое немецкое название польского города Злотов в Великопольском воеводстве. Если родоначальник происходил из этих мест, его вполне могли прозвать Флатом по месту прежнего жительства — так в старину часто и поступали: человек становился «москвичом», «тверяком» или «флатовцем». В этом случае фамилия Флатова — указатель на географические корни семьи, а не на характер или занятие.

Есть и другая гипотеза, более изящная, но менее вероятная. Она возводит основу к латинскому слову flatus — «дуновение, веяние, порыв», а также «игра на флейте». Согласно этой версии, прозвище Флат мог получить музыкально одарённый семинарист — в духовных училищах латынь знали хорошо, а прозвища с латинскими корнями там действительно встречались. Однако эта версия уязвима: слишком уж редок такой корень для прозвищ, и слишком очевидна географическая параллель, чтобы от неё отмахиваться. Скорее всего, латинское толкование — народная этимология, возникшая задним числом.

Фамилия Флатова — женская форма, а мужская, Флатов, встречается и в России, и в Германии. Среди известных носителей — немецкий гимнаст Альфред Флатов (1869–1942), трижды чемпион летних Олимпийских игр 1896 года в Афинах. Его фамилия — как раз тот случай, когда немецкий топоним стал родовым именем. В русской же традиции фамилия Флатова могла закрепиться за потомками обрусевших немцев или поляков, которые сохранили память о своих корнях в неизменном виде, добавив лишь славянское окончание.