Фамилия Флавианов — редкий случай в русском ономастиконе. Она образована не от мирского прозвища или профессии, а напрямую от личного имени Флавиан. Это имя имеет латинские корни: Flavius — родовое имя в Древнем Риме, означавшее «золотистый», «светлый» (от flavus — «жёлтый», «золотистый»). В христианской традиции имя Флавиан почитается благодаря нескольким святым, в том числе святителю Флавиану Исповеднику, патриарху Константинопольскому.

В русскую культуру имя попало через церковные святцы, но широкого распространения не получило — оно всегда было редким, книжным. Соответственно, и фамилия Флавианов — семинарская или искусственная, то есть созданная в духовных училищах и семинариях. Там будущим священникам часто давали фамилии по именам святых, возвышенные и непохожие на крестьянские прозвища. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Флавианов буквально означает «сын Флавиана», но в данном случае это не столько родство, сколько указание на духовного покровителя.

Если бы фамилия бытовала в крестьянской среде, она прошла бы долгий путь упрощения и обкатки в говорах, но Флавианов осталась почти без изменений — слишком книжная основа. Её носители почти наверняка происходят из семей потомственных священнослужителей или, реже, из образованных слоёв XIX века. Географически такие фамилии встречаются в центральных губерниях России, где были сильны духовные учебные заведения: Владимирская, Ярославская, Костромская, Рязанская.

Стоит отличать Флавианова от похожих по звучанию фамилий — Флавицкий, Флавин. Флавицкий — типичная семинарская фамилия на -цкий, тоже от имени Флавиан, но по другой модели. Флавин могла возникнуть как краткая форма от того же имени, но не обязательно: иногда её связывают с диалектным словом «флава» (нечто бледное, бесцветное), хотя эта версия слабее. Флавианов же — наиболее прямая и полная форма, сохранившая имя целиком.