Фамилия Флуер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть на её звуковой облик и сравнивать с другими языками.

Скорее всего, фамилия Флуер имеет еврейские (ашкеназские) корни. В идише или немецком языке слово «Flur» означает «поле», «луг», а также «коридор» или «прихожая». Фамилии, образованные от топографических признаков (местности, где жил человек), были очень распространены. В таком случае «Флуер» — это вариант фамилии Флур, который мог возникнуть при записи в официальных документах (например, в черте оседлости Российской империи). Суффикс «-ер» в немецком и идише часто указывает на профессию или принадлежность к месту, поэтому Флуер могло означать «живущий у поля» или «полевой сторож».

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — румынское или молдавское происхождение. Слово «floare» (цветок) в румынском языке дало фамилию Флоаря, а её диалектный или искажённый вариант мог трансформироваться в Флуер. Тогда фамилия была бы «цветочной» и указывала на профессию садовника, продавца цветов или просто на прозвище красивого, цветущего человека.

В русском языке эта фамилия не имеет славянской этимологии. Она не разлагается на типичные русские суффиксы -ов, -ин, -ский. Поэтому носители фамилии Флуер почти наверняка — потомки переселенцев из Западной Украины, Бессарабии или еврейских местечек, которые в XIX — начале XX века попали в центральные губернии России. Найти эту фамилию в старых писцовых книгах или боярских списках не получится: её история укладывается в последние 150–200 лет.