Фамилия Фльянов — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение вызывает вопросы уже на уровне написания. Сочетание согласных «Фль» нетипично для исконно русских корней, и это сразу подсказывает, что перед нами не крестьянская фамилия от прозвища или ремесла, а скорее всего, книжное или церковное образование.

Скорее всего, в основе фамилии лежит каноническое имя Флегонт (греч. phlegon — «жгучий», «пылающий»). В просторечии это имя нередко сокращали и переделывали: Флегонт → Флегон → Фльон (с выпадением гласной и смягчением). От такой обиходной формы «Фльон» и образовалась фамилия через стандартный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Фльона». Написание через «я» (Фльянов вместо Фльонов) — результат поздней орфографической путаницы или влияния акающих говоров, где безударное «о» звучало как «а» и закреплялось на письме.

Суффикс -ов в данной модели типичен для фамилий, возникших в среде духовенства и служилых людей в XVI–XVII веках. Семинаристы и приходские священники нередко образовывали фамилии от имён святых, усекая их до простой, почти бытовой формы. Так имя Флегонт (святой мученик Флегонт, почитаемый православной церковью) превращалось в фамилию для поповича или дьячка.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Фляга или Флянов (человек, делавший или продававший фляги). Но в этом случае мы ожидали бы форму «Флягин» или «Фляжников». Переход «ля» в «лья» без видимой причины — натяжка, и имя Флегонт остаётся основным объяснением.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Фльяновы фиксируются преимущественно в центральных губерниях России — Владимирской, Костромской, Ярославской, где было сильно влияние церковных приходов. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её происхождение из среды духовенства или мещанства.

Таким образом, Фльянов — это фамилия-память о редком церковном имени, переработанном русским языком на свой лад. Человек, носивший её, скорее всего, был потомком священника или причетника, чьего предка звали Флегонтом.