Фамилия Фофкин образована от прозвища или имени Фофка. В основе лежит уменьшительная форма от крестильного имени Фофан, которое в русской традиции является народным вариантом канонического имени Феофан (от греческого Теофанис — «Богоявление»). Фофан и его производные вроде Фофка, Фофа, Фофаня были распространены в простонародной среде, особенно в северных и центральных губерниях, где имя адаптировалось в речи. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Фофкин — «сын Фофки» или «человек из семьи Фофки».

Модель образования типична для русских фамилий из нецерковных и обиходных форм. Важно, что полное имя Феофан в святцах есть, но в быту оно звучало как Фофан, а Фофка — его ласкательный вариант. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Фофка, что подтверждает реальность такого антропонима. Таким образом, Фофкин — не редкая «говорящая» фамилия, а обычная патронимическая, возникшая в среде, где имя Фофан было привычным.

В географическом плане фамилия тяготеет к регионам, где имя Фофан встречалось чаще: Вологодская, Архангельская, Костромская губернии. В современной России Фофкины рассеяны, но заметное число носителей фиксируется в Ивановской и Нижегородской областях — в зоне бывшего расселения севернорусского населения. Редкость фамилии объясняется тем, что исходное имя вышло из употребления уже к XIX веку, и производные от него не получили массового распространения.

С точки зрения социального контекста, Фофкин — фамилия крестьянская или мещанская. В дворянских родословных она не зафиксирована, что типично для фамилий на -ин от уменьшительных форм. Есть версия, что Фофка могло быть не только именем, но и прозвищем по внешности или поведению: в некоторых говорах «фофан» означало «простак», «разиня». Однако эта гипотеза менее правдоподобна, так как связь с крестильным именем прямая и подтверждается документами, а прозвищное значение могло возникнуть уже позже, как вторичное.