Фамилия Фоминкова — это «материнская» форма, образованная от женского имени Фоминка, которое, в свою очередь, произошло от канонического мужского имени Фома. В русской ономастике такие фамилии редки. Обычно фамилии на -ов/-ев или -ин указывают на отца: «чей?» — Фомин сын. Но Фоминкова построена по модели «чья?» — жена или вдова Фоминка. Это значит, что прозвище или фамилию дали не по отцу, а по матери, которую в быту звали Фоминкой — женой Фомы или дочерью Фомы. Такая модель встречается в северных и центральных регионах России, где из-за частых отхожих промыслов или ранней смерти кормильца хозяйство вела женщина, и детей записывали по ней.

Имя Фома — древнееврейского происхождения, означает «близнец». В русской традиции оно стало нарицательным для недоверчивого человека (Фома неверующий), но в народе оставалось распространённым, особенно в крестьянской среде. От него пошли десятки фамилий: Фомин, Фомичёв, Фомкин, Фомушкин. Фоминкова стоит особняком из-за суффикса -ов, присоединённого к женской основе. Это не описка и не вариация Фомина — это сознательное указание на матрилинейное родство.

Если разбирать словообразовательную цепочку: Фома → Фомин (чей?) → Фоминка (жена Фомина) → Фоминкова (чья? — дочь или вдова Фоминки). Суффикс -к- в середине — уменьшительно-бытовой, характерный для деревенских прозвищ: так могли называть женщину неофициально, а фамилия закрепилась за её потомками.

Географически Фоминкова встречается редко, преимущественно в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также в среде старообрядцев, где дольше держались архаичные формы словообразования. Сословно предки Фоминковых — скорее всего, однодворцы или государственные крестьяне, а не дворяне: в высших сословиях «материнские» фамилии почти не практиковались.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямо не упоминается, но модель описана в разделе фамилий от женских прозвищ. Спорных версий нет: основа ясна, альтернативные этимологии вроде связи с фомкой (воровским инструментом) маловероятны, так как ударение в фамилии падает на второй слог — Фоминко́ва, а не на первый.