Фамилия Фомушина — женская форма фамилии Фомушин, а та образована от имени Фома. Казалось бы, всё просто, но интерес здесь не в основе, а в суффиксе. Фомушин — не типичная «патронимическая» модель на -ов/-ев или -ин, где суффикс присоединяется прямо к основе: Иванов, Петров, Ильин. Здесь мы видим суффикс -ушин, который в русских фамилиях встречается реже и чаще указывает на принадлежность через уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму имени. Фомуша — это неофициальный, домашний вариант имени Фома, вроде как Ванюша от Иван или Мишуша от Михаил. Соответственно, Фомушин буквально означает «сын Фомуши», то есть потомок человека, которого в быту звали не полным именем, а ласково или сокращённо.

Само имя Фома — древнееврейского происхождения, означает «близнец». В русской традиции оно стало нарицательным благодаря евангельскому апостолу Фоме, прозванному Неверующим. Однако в народной среде имя было распространено, и никакого негативного оттенка не несло — скорее, указывало на простого, крепкого человека. Фамилии на -ушин/-юшин типичны для северных и центральных областей России: Вологодчина, Архангельская губерния, Ярославль. В этих краях уменьшительные формы на -уша были особенно употребительны, и фамилии вроде Фомушин, Ванюшин, Петрушин фиксируются в писцовых книгах XVII–XVIII веков.

С точки зрения социального происхождения, Фомушины в большинстве своём — крестьяне или посадские люди. В дворянских родословных эта фамилия не встречается, что тоже говорит о её «низовой» природе. Фомушина — фамилия, которая рассказывает не столько о характере или занятии предка, сколько о домашней, семейной атмосфере: человека звали ласково, и это прозвище закрепилось за его детьми. В современных справочниках фамилия Фомушин считается редкой, по данным переписей, её носители сосредоточены в основном в Центральной России и Поволжье.