Фамилия Фомушин — из числа тех, что прямо указывают на имя предка. В её основе лежит не само каноническое имя Фома, а его уменьшительная форма — Фомуша. Так на Руси ласково или попросту называли человека с этим именем, а его потомки со временем стали Фомушиными. Смысловая цепочка простая: был человек Фомуша — стал род Фомушиных.

Имя Фома пришло к нам с арамейским значением «близнец». В евангельской истории апостол Фома прославился тем, что усомнился в воскресении учителя, отсюда и пошло выражение «Фома неверующий», ставшее символом недоверчивого человека. Этот оттенок скепсиса и сомнения закрепился за именем в народном сознании, но на формирование фамилии он повлиял мало — гораздо важнее была распространённость самого имени.

Интереснее другое: в разных говорах прозвище Фома или Фомуша имело разные оттенки. В одних местах так называли простоватого, вялого, медлительного человека. В других, наоборот, Фомкой и Фомушей именовали плута, вора или мошенника — слово жило в народной речи с противоположными значениями, как это часто бывает с прозвищами. Поэтому среди предков Фомушиных могли быть и люди с характером апостола — недоверчивые и упрямые, и те, кого окружающие считали хитрецами.

Сама модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Фомушин — значит «сын Фомуши», «ребёнок Фомуши». Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных русских землях, где патронимические формы на -ин были особенно распространены. В южных и западных регионах чаще использовали суффикс -ов, так что написание Фомушин может косвенно указывать на географию происхождения рода.

Стоит отличать Фомушина от однокоренных Фомин, Фомкин, Фомичёв. Все они выросли из одного имени, но из разных его форм: Фома, Фомка, Фомич. Фомушин — один из самых редких вариантов, поскольку уменьшительная форма Фомуша встречалась реже, чем те же Фомка или Фома. Это делает фамилию более локальной и конкретной — она привязана не просто к имени, а к определённому прозвищу, которое бытовало в конкретной семье.

Точных сведений о том, когда и где именно появилась фамилия Фомушин, в открытых источниках нет, но по модели образования её можно отнести к довольно ранним русским фамилиям, сформировавшимся в XV–XVII веках, когда патронимы на -ин активно превращались в наследственные родовые именования.