Фамилия Фомашин напрямую связана с одним из самых узнаваемых библейских имён — Фома. В переводе с арамейского оно означает «близнец». В основу фамилии легла не полная форма, а ласкательная производная — Фомаша. Так в старину могли звать и взрослого мужчину, и мальчика, а его дети и внуки со временем стали писаться как Фомашины.

С образом апостола Фомы связан устойчивый оборот «Фома неверующий», который закрепился за любым сомневающимся и недоверчивым человеком. Однако в народной среде имя жило своей жизнью, отдельной от церковной традиции. В русских говорах Фомой нередко называли простоватого, вялого, медлительного человека. Это прозвищное значение вполне могло закрепиться за родоначальником фамилии не меньше, чем память о святом.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — то есть сын, потомок Фомаши. Аналогичным образом построены фамилии Тимошин, Ерёмин, Сашин. Интересно, что в отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречались у служилых людей и на севере, формы на -ин исторически преобладали в центральных и южных регионах России, хотя строгой географической границы не имели.

Однокоренные фамилии — Фомин, Фоминцев, Фомочкин — образованы от других форм того же имени. Фомашин выделяется среди них именно уменьшительной основой, что говорит о тёплом, бытовом обращении в семье. Не исключено, что первоначально так могли называть не только сына, но и младшего брата или племянника, которого в доме звали ласково Фомашей.