Мужское крестильное имя Фома в переводе с арамейского означает «близнец». В основу фамилии легла производная форма имени - Фомиша. Поэтому выражение «Фома неверующий» стало нарицательным для недоверчивого слушателя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фомиша, со временем получил фамилию Фомишин.