Фамилия Фомишкин — один из тех случаев, когда за привычным суффиксом -ин скрывается нестандартная основа. Подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от основ на -а/-я (Иванов сын → Иванов, но Мишин сын → Мишин). Здесь же мы видим основу Фомишк-, которая указывает на имя Фома, но не напрямую, а через уменьшительно-уничижительную форму Фомишка.

Это редкий словообразовательный ход. Обычно от имени Фома образовывали фамилии Фомин (самая распространённая), Фомкин, Фомочкин. Форма Фомишка в древнерусском языке имела сниженный, пренебрежительный оттенок — так могли называть человека невысокого роста, незнатного происхождения или просто младшего в семье. В документах XVI–XVII веков встречаются записи вроде «Фомишка Иванов сын» — так именовали крестьян и посадских людей при переписях, где полное имя считалось излишней честью для простолюдина.

Фамилия Фомишкин, таким образом, означает «сын Фомишки» или «потомок того, кого звали Фомишкой». Со временем прозвищный оттенок стёрся, и фамилия закрепилась как наследственная. По географии она редкая и тяготеет к северо-западным областям России — Псковской, Новгородской, Тверской, где были сильны традиции именования по уличным и домашним прозвищам. В центральных и южных губерниях чаще встречались Фомины и Фомкины.

Интересно, что в некоторых говорах «фомишка» могло быть не просто именем, а прозвищем недоверчивого или наивного человека — по евангельскому Фоме Неверующему. Но эта версия менее вероятна: прозвища от имён обычно сохраняли уменьшительную форму без дополнительного смысла. В любом случае, носитель фамилии Фомишкин может быть уверен: его предки — не бояре и не духовенство, а скорее всего, крестьяне или ремесленники, которых в быту звали по имени с оттенком простонародной ласки или пренебрежения.