Мужское крестильное имя Фома в переводе с арамейского означает «близнец». В основу фамилии легла производная форма имени - Фомиша. Поэтому выражение «Фома неверующий» стало нарицательным для недоверчивого слушателя. Скорее всего, основатель рода Фомишиных был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Фомиша, со временем получил фамилию Фомишина.