Фамилия Фомишина образована от мужского крестильного имени Фома, которое в переводе с арамейского означает «близнец». В основу фамилии легла не полная форма имени, а производная, уменьшительно-ласкательная — Фомиша. Так на Руси могли называть сына, младшего брата или просто человека, которого хотели выделить среди тёзок. Именно от этой обиходной формы и пошла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Фомишина буквально значит «дочь (или жена) Фомиши».

Сам апостол Фома, один из двенадцати учеников Христа, известен тем, что усомнился в воскресении учителя, пока не увидел его ран собственными глазами. Отсюда пошло выражение «Фома неверующий», которое стало нарицательным для любого недоверчивого и скептически настроенного человека. Впрочем, к самим носителям фамилии это прозвище прямого отношения не имеет — оно лишь отражает широкую известность имени в православной культуре.

Скорее всего, основатель рода Фомишиных был выходцем из простого сословия. В среде крестьян и посадских людей имена в уменьшительной форме использовались повсеместно, и фамилии, образованные от них, часто закреплялись за целыми семьями. Модель с суффиксом -ин характерна для северных и центральных русских земель, где она соперничала по частотности с более распространённой моделью на -ов/-ев.

Интересно, что однокоренные фамилии — Фомин, Фомичёв, Фомкин — встречаются гораздо чаще, чем Фомишин. Это делает фамилию Фомишина более редкой и локальной. Вероятно, она закрепилась в конкретной местности и не получила широкого распространения за её пределами. Таким образом, потомок человека по имени Фомиша со временем получил фамилию Фомишина, и сегодня она сохраняет память о том, как в старину звали предка — просто и по-домашнему.