Фамилия Фомиина — женская форма фамилии Фомиин, а та, в свою очередь, образована от личного имени Фома. Казалось бы, всё очевидно, но именно здесь кроется первая необычность: суффикс -ин в этой фамилии стоит не после основы на -а/-я, как в большинстве отчеств (Иван — Иванов, Пётр — Петров), а после мягкого согласного. Это указывает на то, что исходная форма Фома в древнерусском языке могла склоняться как существительное мужского рода с окончанием -а (Фома, Фомы, Фоме), и фамилия образована по модели «чей?» — Фомин. Однако двойное «и» в корне (Фомиин) — явление более редкое. Оно могло возникнуть двумя путями: либо как вариант написания, где ударное «и» в суффиксе пытались сохранить графически (Фом-и-ин), либо как следствие диалектного произношения, где имя звучало как «Фомий» или «Фомей» (сравните с украинским «Хома» и белорусским «Фама»). В таком случае фамилия Фомиин — это притяжательное прилагательное от прозвищной формы «Фомий», то есть «сын Фомия».

Само имя Фома — греческого происхождения, означает «близнец». В христианской традиции это один из двенадцати апостолов, известный как Фома Неверующий. На Руси имя было распространено во всех сословиях, но к XVIII–XIX векам стало восприниматься как простонародное, крестьянское или купеческое. Поэтому фамилия Фомиин (а значит, и Фомиина) — не дворянская, а типичная для крестьян и мещан центральных и северных губерний России.

Географически фамилия Фомиина встречается в основном в Архангельской, Вологодской, Кировской областях и в Пермском крае — то есть в регионах, где сохранялось старое северное произношение с чётким «и» в суффиксе. В южных и западных областях чаще встречается форма Фомина (с одним «и»), так как там имя произносили как «Фома» без перехода в «Фомий».

Таким образом, фамилия Фомиина — не опечатка и не редкий вариант, а вполне закономерная севернорусская форма, закрепившаяся в письменности. Носительница этой фамилии может с большой вероятностью предполагать, что её предки были крестьянами или ремесленниками из Поморья или Вятки, а в основе фамилии лежит не просто имя Фома, а его местный диалектный вариант — Фомий.