Фамилия Фомишнина — форма женского рода, а её исходная мужская форма — Фомишнин. Это отчество второго порядка: она образована от имени Фома (каноническое Фома, от древнееврейского «близнец») через цепочку Фома → Фомиш → Фомишнин. Суффикс -ин здесь типичен для русских фамилий, указывающих на принадлежность: «чей?» — Фомишнин, то есть сын Фомиша, а Фомиш, в свою очередь, — уменьшительная или обиходная форма от Фомы.

Основа «Фомиш-» примечательна тем, что в ней сохранился древнерусский вариант основы с суффиксом -иш-. Такие формы (Фомиш, Демиш, Вавиш) были распространены в северных и центральных говорах, особенно в Новгородской и Вятской землях. В отличие от более поздних уменьшительных на -а (Фомка, Фомушка), Фомиш — архаичный вариант, который редко встречается в современных фамилиях. Это делает Фомишнина фамилией с выраженной диалектной окраской, указывающей на возможное происхождение носителя из регионов, где в XVI–XVII веках бытовали такие формы.

Сословная принадлежность по фамилии не определяется. Фомишнины могли быть крестьянами, посадскими людьми или служилыми — отчество на -ин встречалось во всех слоях, кроме высшей аристократии. В писцовых книгах и ревизских сказках фамилии с основой «Фомиш-» фиксировались, например, в Вятской губернии, но массового распространения не получили. Сегодня фамилия редкая, что подтверждает её локальный характер.

Если сравнивать с однокоренными — Фомин, Фомичев, Фомкин, — то Фомишнин стоит особняком: она не попала в стандартный набор суффиксов, закрепившихся в центральных областях, а сохранила следы местного словообразования. Для человека, носящего эту фамилию, это может быть ключом к поиску предков в конкретном регионе, скорее всего, на севере или северо-востоке Европейской России.