Фамилия Фондеркина — редкий случай, когда иноязычная приставка прирастает к русской основе, образуя необычную конструкцию. Первая часть, «Фон», — немецкого происхождения, дворянский предлог, указывающий на происхождение из определённой местности (аналог французского «де»). Вторая часть — «Деркина» — явно русская, образованная от прозвища или имени.

Разбираем основу. «Дерка» — это неполное имя или прозвище, которое могло возникнуть от глагола «дергать» (суетливый, непоседливый человек) или от названия птицы «дергач» (коростель). В русских говорах «дергачом» называли не только птицу, но и худощавого, длинноногого человека. Менее вероятная, но возможная версия — связь с украинским или белорусским словом «дерка» (тёрка, скребок), то есть прозвище мог получить ремесленник, работающий с грубой обработкой дерева или кожи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Фондеркина буквально означает «жена или дочь Фондеркина» (мужской вариант — Фондеркин). Сама фамилия, скорее всего, поздняя, XVIII–XIX века, когда в России шёл процесс «одворянивания» купцов и разночинцев. Носитель мог получить немецкую приставку либо по реальному происхождению от обрусевшего немца, либо как искусственное украшение — в то время некоторые русские семьи брали приставку «фон» для солидности, особенно если служили по инженерной или горной части.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в центральных областях России и в Поволжье. Сословно её обладатели могли быть как мещанами, так и потомственными дворянами — точных данных нет, но сам факт двойной конструкции говорит о том, что предки стремились подчеркнуть статус. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается — она слишком редка для масштабных ономастических сводов.

Таким образом, Фондеркина — гибридная фамилия, где немецкий дворянский предлог склеился с русским прозвищем, отражающим либо характер, либо внешность, либо занятие предка.