Фамилия Фандеркин — редкий случай, когда в основе лежит не русское слово, а западноевропейское имя, переделанное на русский лад. Скорее всего, она восходит к немецкой фамилии Фандер (Vander) или Фандерк (Vanderc), которая в свою очередь происходит от нижненемецкого имени Фандер — краткой формы от Иоганн (Иоанн) с диалектным приставным звуком. Такая модель образования — когда к иноязычной основе добавляют русский суффикс принадлежности -ин — характерна для фамилий, возникших в среде обрусевших немцев, голландцев или прибалтийских переселенцев, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Россию на службу или поселяли в Поволжье.

Суффикс -ин указывает на прямое родство: Фандеркин буквально означает «сын (или потомок) Фандера». В русской ономастике так образовывали фамилии от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Здесь основа Фандерк- (с утратой конечного согласного в произношении) легко подчинилась этой модели, что говорит о довольно ранней и полной адаптации носителей в русской среде. В отличие от фамилий на -ов, которые преобладают у великороссов, -ин чаще встречается в северных и центральных областях, но для иноязычных корней это скорее маркер конкретной семьи, а не региона.

Версия о происхождении от голландского van der (предлог с артиклем, указывающий на местность) маловероятна: в русской передаче такие фамилии обычно сохраняли приставку (Вандербильт, Вандервельде) или полностью русифицировались в Вандеров. Фандеркин же звучит как уменьшительно-притяжательное от личного имени — так могли прозвать в семье, где отца звали просто Фандер, а в документах его записали с русским окончанием. Других правдоподобных версий нет: ни одно русское нарицательное слово не даёт такой основы.

Носители фамилии Фандеркин — почти наверняка потомки немецких или голландских колонистов, осевших в Российской империи. Встречается она крайне редко, в основном в центральной России и в бывших немецких колониях Поволжья. Сословная принадлежность могла быть разной: от крестьян-переселенцев до мещан или купцов, но без конкретных генеалогических изысканий сказать точнее нельзя. Фамилия не даёт подсказок о роде занятий — только о том, что предок носил имя, которое в новой стране превратилось в фамильный знак.