Фамилия Фонер — редкий случай в русском ономастиконе, где иностранная основа сохранила исходное написание и не обросла типичными славянскими суффиксами. Вопреки ожиданию, это не немецкая фамилия с предлогом «фон» (указание на дворянское происхождение), а вариант написания еврейской фамилии Фонер, Фонор или Фанар. Предлог «фон» в немецком языке пишется раздельно и со строчной буквы, а здесь мы видим слитное написание с заглавной — типичная русификация иноязычной фамилии при записи в документах.

Основа фамилии восходит к идишу или ивриту. Наиболее вероятное объяснение — от слова «фонэр» (פֿאָנער), что означает «фонарщик» или «тот, кто имеет отношение к фонарям». В местечках черты оседлости фонарщик был заметной фигурой: он зажигал и гасил уличные керосиновые лампы, следил за их исправностью. Профессиональные прозвища часто становились фамилиями при обязательной паспортизации еврейского населения в Российской империи в XIX веке. Менее вероятная, но возможная версия — от немецкого «Fohner» (ветер-фён) или от топонима, но для еврейской среды типичнее бытовое ремесло.

По модели образования фамилия Фонер стоит особняком. В ней нет ни славянских суффиксов принадлежности (-ов, -ин, -ский), ни типичных еврейских окончаний (-ман, -зон, -вич). Это чистая основа, заимствованная как есть. Такие фамилии в России чаще всего получали выходцы из Австро-Венгрии и Германии, где фамилии на -ер широко распространены. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века фамилия встречается в Волынской, Подольской и Киевской губерниях — именно там, где были плотные еврейские общины и где работа фонарщика была востребована в городах.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии Фонер относились к мещанскому сословию или ремесленникам. Дворянского происхождения (с частицей «фон») здесь нет — это позднейшее народное переосмысление, когда владельца фамилии могли в шутку или по ошибке считать «фоном», то есть барином. На деле предки были людьми рабочих профессий, и фамилия честно сохранила память об их труде.