Фамилия Фонерова — женская форма фамилии Фонеров, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В русском языке суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Фонеров — это потомок человека по прозвищу или имени Фонер. Но что стоит в основе? Самое правдоподобное объяснение — профессиональное прозвище. Слово «фонер» в русских говорах и профессиональной среде могло означать мастера, занимающегося фанерованием — отделкой поверхности дерева тонкими листами ценной породы (шпоном). Это ремесло было распространено среди столяров, краснодеревщиков и мебельщиков. В этом случае Фонеров — сын фонера, то есть человека, чья работа — фанеровать.

Версия с немецким корнем также имеет право на существование, хотя менее вероятна для крестьянской или мещанской среды. Немецкая фамилия Foner (от латинского «фонус» — погребение, или от диалектного «фоне» — знамя) могла попасть в Россию с переселенцами, но тогда фамилия сохранила бы ударение на первом слоге и писалась бы чаще как Фонер. Русское ударение на последнем слоге (Фоне́ров) склоняет к версии с русским суффиксом и профессиональной основой.

Географически фамилия редкая, встречается точечно, что говорит о её позднем оформлении или узком распространении в конкретной местности. Скорее всего, предки Фонеровых были ремесленниками, связанными с деревообработкой, возможно, в городах центральной России или на Урале, где работали мебельные мастерские. Сословно — это могли быть мещане или цеховые мастера, а не дворяне, так как фамилии от ремесленных прозвищ редко закреплялись в высших слоях.

В написании возможна путаница с фамилией Фанерова (от «фанера»), но Фонерова — более архаичная форма, сохранившая корень «фонер» как обозначение мастера, а не материала. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Фанерный, Фанеров, Фонер — встречаются ещё реже, что подтверждает уникальность этой фамилии.