Фамилия Фоночкин — редкий пример, где основа очевидна, а вот её происхождение расходится с первым впечатлением. На слух она кажется связанной со словом «фон» (немецкая дворянская приставка) или с «фоникой» (звуком), но корень здесь совсем другой.

Словообразовательная модель стандартна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — Фоночка. Это уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Афанасий. В народной речи имя Афанасий (греч. «бессмертный») сокращалось до Фаня, Фоня. От Фони и образовали Фоночка — так в быту называли ребёнка или взрослого, но в ласковом, домашнем ключе. Фамилия, таким образом, значит «сын (или потомок) Фоночки», то есть Афанасия.

Версия о связи с приставкой «фон» ошибочна: в русских фамилиях она не переходит в суффикс -ин, а сами «фон-фамилии» в крестьянской и мещанской среде практически не встречались. Фоночкины — скорее всего, выходцы из центральной России или Поволжья, где форма Фоня была широко распространена. В документах XIX века эта фамилия фиксируется в Тверской и Ярославской губерниях, что подтверждает её чисто русское, народное происхождение.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе «от имён на -я», где суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на гласный. Фоночкин стоит в одном ряду с Фониным, Фонькиным, но отличается редким двойным суффиксом -очк-, который придаёт фамилии необычную мягкость — в отличие от суровых прозвищных фамилий, эта явно образована от домашнего, тёплого обращения.