Фамилия Фотунатов — редкий случай, когда написание разошлось со звучанием, но не по прихоти писаря, а из-за диалектного произношения. В основе лежит имя Фотий, а точнее его обиходная форма Фотун. В северных и некоторых центральных говорах безударное «о» после мягкого согласного звучало почти как «у»: вместо «Фотий» говорили «Футий», «Фотун» — «Футун». Когда крестьянину или посадскому человеку давали фамилию, писарь записывал её на слух, так и появился «Фотунатов» — то есть потомок Фотуна, а в конечном счёте — Фотия.

Имя Фотий греческого происхождения, от «фос» — свет. В святцах оно связано со святителем Фотием, патриархом Константинопольским, и его почитали на Руси. Однако полное церковное имя в крестьянской среде употребляли редко: его заменяли уменьшительными формами — Фотун, Фотей, Фотюк. От этих прозвищных вариантов пошли фамилии Фотиев, Фотин, Фотеев, а Фотунатов стоит немного особняком: суффикс «-атов» тут не типичный патронимический («-ов»), а скорее притяжательный, от основы на «-а»: Фотун → Фотунатов, то есть «сын Фотуны». Впрочем, по модели это та же «сыновья» фамилия, что и Иванов, просто основа редкая.

Географически фамилия тяготеет к северным и северо-западным губерниям — Архангельской, Вологодской, Вятской. Там же встречается и вариант Футунатов, который ещё точнее передаёт народное произношение. В центральных областях, где аканье было сильнее, могла возникнуть форма Фатунатов, но она почти не зафиксирована. Таким образом, Фотунатов — не искажение, а живая фонетическая запись, сохранившая черту местного говора XIX века.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и купцы — но почти никогда дворяне, поскольку в дворянских родах предпочитали книжные, недиалектные формы. Если ваш предок — Фотунатов, скорее всего, он был государственным или помещичьим крестьянином с севера России, а его далёкий пращур носил имя, означавшее «светлый» или «просвещённый».