Фамилия Фортунатов почти наверняка имеет искусственное происхождение. Её создали в духовных семинариях, где будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от редких канонических имён. В основе лежит церковное имя Фортунат, которое восходит к латинскому слову fortunatus — «счастливый, благополучный». Само имя в России было редкостью и в обиходе практически не использовалось, поэтому и фамилия, от него произведённая, встречается нечасто.

В семинарской среде существовала традиция переводить «говорящие» фамилии на латынь или греческий, придавая им более книжное звучание. Например, Надеждин мог стать Сперанским (от латинского spero — «надеяться»), а Песков — Аренским (от латинского arena — «песок»). Фортунатов в этом ряду стоит особняком: здесь взяли не перевод, а само латинское имя, которое напрямую указывало на пожелание счастья и удачи. Такая модель типична для духовных учебных заведений XVIII–XIX веков.

Род Фортунатовых принадлежал к старинному дворянству и был внесён в родословные книги Владимирской губернии. Это отдельная ветвь, которая, вероятно, имела иное происхождение, чем семинарская линия, но носила ту же фамилию.

Наиболее известный представитель фамилии — Филипп Фёдорович Фортунатов (1848–1914), российский лингвист, профессор и член Российской академии наук. Он основал московскую «формальную» лингвистическую школу, которую часто называют «фортунатовской». Его научные работы заложили основы сравнительно-исторического изучения славянских языков, а сам термин «фортунатовская школа» до сих пор используется в академической среде.

Таким образом, фамилия Фортунатов сочетает в себе два пласта: искусственное семинарское творчество с опорой на латинский корень и дворянскую родословную, что делает её редким примером пересечения церковной и светской традиций имянаречения.