Фамилия Фортун — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не имя, а прямое заимствование латинского слова. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов/-ев или -ин, Фортун стоит особняком: усечённая форма, без суффикса принадлежности, указывает на то, что она пришла в русский язык уже готовой, чаще всего через польское или украинское посредничество. В латыни fortuna — «судьба, удача, счастливый случай». В западнорусских землях, особенно на территории современных Украины и Беларуси, слово «фортуна» в значении «везение» было в ходу, и прозвище Фортун могли дать человеку, который считался баловнем судьбы, либо, наоборот, иронично — тому, кто постоянно попадал в переделки.

Есть и вторая, менее очевидная версия, связанная с церковным календарём. В святцах встречается имя Фортунат (от того же латинского корня), которое в народном произношении могло сократиться до Фортун. Такая модель — отбрасывание окончания -ат — типична для адаптации редких христианских имён: например, от Фортуната получалось Фортун, как от Германа — Герман, от Кондрата — Кондрат. Если фамилия возникла в среде духовенства или крестьян, помнивших редкого святого, то это именно «крестильный» вариант.

Географически фамилия Фортун привязана к западным и южным регионам бывшей Российской империи. Встречается у поляков, украинцев, белорусов, а также у евреев, которые нередко брали фамилии по принципу благопожелания — «удачи». В польской ономастике есть фамилия Fortuna, а Фортун — её более краткий вариант, возникший, возможно, из-за особенностей местного произношения или при переписи.

Стоит отметить, что фамилия не получила широкого распространения в центральной России: там её вытеснили более привычные формы — Фортунов, Фортунатов. Поэтому Фортун — маркер западного происхождения, и её носители, скорее всего, ведут род из мест, где польский или украинский язык смешивался с русским, а слово «фортуна» звучало естественно и в быту, и в документах.