Фамилия Фортунатовы необычна тем, что её происхождение не народное, а книжное, искусственное. Она появилась в среде русских семинаристов, где в XVIII–XIX веках было принято заменять простые, бытовые фамилии на более благозвучные, образованные от редких церковных имён или латинских корней. Так, Песковы становились Аренскими (от латинского arena — «песок»), а Надеждины — Сперанскими (от spero — «надеяться»). По этой же модели от церковного мужского имени Фортунат, означающего в переводе с латыни «счастливый, благополучный», и возникла фамилия Фортунатов.

Само имя Фортунат в святцы входило, но на Руси почти не использовалось — оно оставалось редким и книжным. Поэтому естественно, что фамилия, от него образованная, закрепилась не в крестьянской или купеческой среде, а в духовных училищах. Семинаристам нередко давали фамилии от полных форм таких канонических имён, и Фортунатов — один из ярких примеров этой традиции. Фамилия звучала как знак образованности и латинской учёности, что ценилось в церковной среде.

При этом Фортунатовы — не только семинарский род. Существует старинный дворянский род Фортунатовых, внесённый в родословные книги Владимирской губернии. Это отдельная ветвь, и её происхождение могло быть иным, но общая модель — связь с именем Фортунат — остаётся основной.

Говоря о фамилии, нельзя обойти самого известного её носителя — Филиппа Фёдоровича Фортунатова (1848–1914), российского лингвиста, профессора и члена Российской академии наук. Он основал московскую формальную, или фортунатовскую, лингвистическую школу, которая во многом определила развитие русской грамматики. Благодаря ему фамилия Фортунатов прочно вошла в историю науки, и сегодня она воспринимается не только как редкое семинарское именование, но и как знак академической традиции.