Фамилия Франишина — редкая и неочевидная, поэтому искать её происхождение приходится по крупицам. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: Франишин означает «сын Франиши» или «человек из семьи Франиши». Значит, корень фамилии — личное имя или прозвище Франиша, а вот откуда взялось само это имя, тут мнения расходятся.

Самая правдоподобная версия ведёт к имени Ефросин. Цепочка преобразования выглядит так: Ефросин — Фрося — Фроня — Франя — Франиша. Греческое имя Ефросин (euphrosyne) переводится как «радость, веселье», и в народной среде оно давало множество уменьшительных форм, порой до неузнаваемости меняя исходный звуковой облик. Франиша — как раз такой «народный» вариант, который закрепился в качестве самостоятельного имени.

Есть и вторая версия, менее вероятная для русской почвы, но имеющая право на существование: Франиша — это форма имени Франциск. Латинское Franciscus означает «француз, тот, кто родом из Франции». В католической традиции это имя широко известно благодаря Франциску Ассизскому — средневековому богослову, основателю нищенствующего ордена францисканцев, который проповедовал добровольную бедность. Его считают небесным покровителем Италии, а также заступником купцов, портных, ткачей, вышивальщиц и даже птиц и зверей, особенно волков. Однако для православной Руси такая привязка скорее экзотика, чем правило, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Само имя Франиша звучит простонародно, без аристократического налёта. Скорее всего, основатель рода Франишиных был человеком из крестьянской или ремесленной среды, где подобные сокращённые формы имён были обычным делом. Со временем потомки человека по имени Франиша усвоили фамилию Франишин, а женская форма Франишина закрепилась за его дочерьми и жёнами. Фамилия не получила широкого распространения, что типично для имён, которые не вошли в церковный календарь и остались на уровне домашнего обихода.