Фамилия Фудоряк — редкая, и её разговорный, почти «домашний» суффикс -як сразу выдает украинское или западнорусское происхождение. Такие фамилии обычно образовывали от прозвищ, указывая на человека по действию, внешности или характеру: «кто такой?» — «Фудоряк», то есть потомок или человек, связанный с Фудорой.

Основа фамилии — «фудора» — звучит необычно, но имеет прозрачную этимологию. Скорее всего, это искаженное диалектное произношение имени Феодора или Федора. В украинских говорах, особенно на западе, начальное «ф» могло появляться в заимствованных именах, а «удор» вместо «едор» — результат местного аканья или особого произношения. Имя Феодор (Федор) было распространено повсеместно, а его уменьшительные формы — Федоря, Федорка — дали жизнь множеству фамилий. Фудоряк — один из таких вариантов, где корень «фудор» обработан уменьшительно-указательным суффиксом -як, как у Боряк, Петряк, Стецяк.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «фудить» (ворчать, бранить) или диалектным «фудор» (шум, суета). В этом случае прозвище Фудоря мог получить суетливый, беспокойный или ворчливый человек. Однако имя Федор встречается настолько чаще любых диалектных корней, что эта гипотеза остается вторичной.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины — Волыни, Подолью, Галичине. Там суффикс -як в фамилиях особенно типичен, и там же имя Федор в местных говорах могло звучать как Фудор. Носители фамилии Фудоряк, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии с таким суффиксом редко встречались у дворянства, которое предпочитало формы на -ов или -ский.