Фамилия Фуфлыгина звучит необычно, и это не случайно: за ней стоит редкая и даже несколько комичная основа. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от церковных имён или названий профессий, Фуфлыгина происходит от прозвища, связанного с диалектным словом «фуфлыга». В разных говорах это слово означало нечто пустое, никчёмное, а иногда — и самого человека: «фуфлыгой» называли несерьёзного, взбалмошного или пустого человека. В словаре Владимира Даля зафиксировано значение «пустой, негодный человек» или «плохая вещь, дрянь». Таким образом, прозвище Фуфлыга давали, скорее всего, в насмешку — человеку, который казался окружающим легкомысленным, неосновательным или говорил много, но без толку.

Фамилия образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища через суффикс -ин. Она указывает на принадлежность к роду: Фуфлыгин — сын или потомок Фуфлыги. Женская форма Фуфлыгина — это либо жена, либо дочь носителя фамилии, но в современном бытовании она, как правило, закреплена за женщиной. Интересно, что суффикс -ин в этой фамилии не случаен: он типичен для основ на -а/-я (Фуфлыга → Фуфлыгин), в отличие от суффикса -ов, который присоединяется к основам на согласный.

Географически фамилия редкая и, скорее всего, имеет локальное происхождение. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектное слово «фуфлыга» было в ходу. По данным переписей и телефонных справочников, Фуфлыгины и Фуфлыгины — единичные случаи, что подтверждает её штучный, прозвищный характер. В сословном отношении носители фамилии, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами — прозвища такого типа редко встречаются у дворян, которые чаще получали фамилии по поместьям или по службе.

Стоит отметить, что в народной этимологии фамилию могли связывать со словом «фуфайка» или «фуфыра» (капризный человек), но это вторичные и менее убедительные версии. Основной корень — «фуфлыга» — даёт наиболее прямое объяснение. Сегодня фамилия Фуфлыгина может восприниматься как курьёзная, но для историка языка она — ценный свидетель живых диалектных прозвищ, которые в XIX веке без стеснения закреплялись в официальных документах.