Фамилия Фунинский — редкий пример, где географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную или крестильную версию. Типичный «географический» суффикс -ский указывает на связь с местом: такую фамилию обычно получал помещик по названию своего имения или выходец из села, переселившийся в другую местность. Основа Фунин- заставляет искать топоним Фунино или Фунин.

Такие названия действительно встречаются. Например, деревня Фунино есть в Костромской области и в бывшей Пермской губернии. В основе этих ойконимов почти наверняка лежит некалендарное личное имя или прозвище Фуня. В русской ономастике Фуня — это краткая форма от имён Агафон, Агафоник или Софония (в просторечии Софон). Но не менее вероятно, что Фуней называли человека с какой-то характерной чертой: в северных говорах «фуня» означало «неповоротливый, вялый человек», а в псковских — «хвастун, пустой человек». Слово звукоподражательное, от междометия «фу» — выражения неодобрения или усталости.

Таким образом, Фунинский — скорее всего, потомок человека, который либо владел землёй при деревне Фунино, либо ушёл оттуда на новое место и получил фамилию по родному селу. Модель образования типична для дворянских и однодворческих фамилий центральной России, но не исключает и более позднего происхождения — например, у бывших крепостных, которым фамилию дали по названию поместья. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые чаще указывают на прямое родство с конкретным человеком (чей? — Фунин сын), суффикс -ский смещает акцент на принадлежность к местности: «из Фунина».

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, носители Фунинских живут в основном на Урале и в Поволжье, что косвенно подтверждает связь с пермскими и костромскими топонимами. Сравнение с однокоренными фамилиями Фунин (встречается чаще) и Фунич (встречается реже) показывает, что Фунинский — самая поздняя и самая «книжная» из трёх форм, возникшая не в крестьянской среде, а скорее в среде служилых людей или духовенства, где была принята модель фамилий на -ский.