Фамилия Габдикеев — редкая, и её разбор сразу упирается в вопрос этнического происхождения. Если не вдаваться в ложные гипотезы, наиболее вероятно, что перед нами русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии, образованной от личного имени.

Разбираем по составу. Основа «Габдик» — это, скорее всего, вариант арабского имени Абдуллах (раб Аллаха) или Абдул, прошедший через тюркскую фонетику. В башкирском, татарском и казахском языках звук «а» в начале мог редуцироваться, а имя приобрести форму «Габди» или «Габдул». Суффикс «-кей» в тюркских языках часто имеет ласкательное или уменьшительное значение (сродни русскому «-ечка»). То есть «Габдикей» — это «маленький Габди» или «Габди, сынок». Русский суффикс «-ев» присоединили уже после того, как носитель фамилии вошёл в русскоязычную среду, адаптировав окончание под стандартную модель русских фамилий (чей? — Габдикеев).

Таким образом, исходная форма для фамилии — Габдикей, а сам Габдикеев — это «потомок Габдикея». Предок, носивший это имя, мог быть крещёным татарином, башкиром или представителем одного из народов Кавказа (например, кумыком или ногайцем), у которого имя «Габди» получило домашнюю, уменьшительную форму.

Отсутствие фамилии в массовых списках дворянства (а она там не встречается) указывает на простое, крестьянское или казачье происхождение. Географически носители фамилии Габдикеев сегодня встречаются преимущественно в Оренбургской области, Башкортостане и в северных районах Казахстана. Это совпадает с зоной расселения башкир и оренбургских казаков, где смешение тюркских и русских антропонимических моделей было обычным делом.

Версия о происхождении от прозвища «Габдик» (например, от диалектного глагола, означающего «сутулиться» или «горбиться») менее правдоподобна, так как не объясняет характерного суффикса «-кей», который явно указывает на имя, а не на качество. Скорее всего, это именно патроним, перешедший в фамилию.