Фамилия Габдинов образована от личного имени Габдин — диалектной формы арабского имени Габидин. В переводе с арабского оно означает «совершающий богослужения», «поклоняющийся». Имя восходит к корню, связанному с религиозным служением, и было распространено в среде мусульманских народов, особенно у татар и башкир. Потомок человека по имени Габдин со временем получил фамилию Габдинов, где русский патронимический суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Габдина».

Модель образования типична для тюркских фамилий, которые адаптировали арабские имена через русскую морфологию. Суффикс -ов закрепился в документах XIX–XX веков, когда у оседлого населения фиксировали фамилии по отцу. Если бы имя сохранилось в более архаичной форме, фамилия могла бы звучать как Габидинов, но диалектное стяжение «Габдин» оказалось продуктивнее в бытовой речи.

Географически Габдиновы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане и среди казахских родов, где имя Габдин (вариант Габден) тоже известно. В дореволюционных переписях носители фамилии могли быть как крестьянами, так и муллами — имя с религиозным значением нередко давали в семьях, где ценили духовное образование.

В ономастике фамилия интересна тем, что сохранила промежуточную форму: арабский корень, тюркское произношение и русский суффикс. Это типичный пример того, как исламская культурная традиция вписалась в российскую антропонимическую систему без потери первоначального смысла.