Фамилия Габдеев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркское и арабо-мусульманское наследие переплелись с русской патронимической моделью. В основе лежит имя Габдей — это народная, сокращённая форма от арабского имени Абдулла (или Габдулла), что значит «раб Божий». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, звук «г» в начале слова — обычное явление, так что Габдей — это местное произношение того же Абдуллы.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — Габдеев, то есть сын или потомок Габдея. Такая форма типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар, а также у народов Поволжья и Приуралья, которые входили в состав Российской империи и получали фамилии по русскому образцу. Встречается и параллельное написание Габдиев — с тем же корнем, но через «и», что отражает другой вариант произношения того же имени.

Географически фамилия Габдеев тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её носители чаще всего были государственными крестьянами или тептярами — сословием, которое платило подати, но не было крепостным. Предки современных Габдеев, скорее всего, жили в деревнях, занимались земледелием и скотоводством, а имя Габдей передавалось из поколения в поколение как родовое.

Интересно, что в некоторых случаях фамилия могла возникнуть не от имени, а от прозвища Габдей, которое давали человеку, отличавшемуся набожностью или знавшему арабскую грамоту. Но это менее вероятно: в тюркской среде прозвища от религиозных имён встречаются реже, чем прямые отчества. Спорных версий здесь нет — основа фамилии прозрачна и не требует домыслов.