Фамилия Габеев образована от имени Габей — производной формы древнетюркского имени Габай. В основе лежит имя Абай, которое у казахов и киргизов переводится как «осторожный, внимательный». На русский язык его значение шире — «старший брат, дядя, старший родственник». Скорее всего, такое имя давали первенцу, желая ему вырасти заботливым, чутким и осмотрительным человеком. В этой версии фамилия отражает не столько прозвище, сколько семейную роль и ожидания от старшего ребёнка.

Однако у фамилии есть и вторая, не менее правдоподобная линия. Она восходит к арабскому имени Губай — «маленький раб божий, ребёнок». Имя Габей в этом случае — фонетический диалектный вариант Губая. Родители, называя так сына, желали ему стать достойным мусульманином, подчёркивая смирение перед Богом. Здесь фамилия несёт уже не социальный, а религиозный оттенок.

Обе версии не противоречат друг другу: в разных регионах и семьях основа могла быть разной. Тюркский корень чаще встречается у степных народов, арабский — там, где сильнее исламская традиция. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий по отчеству: потомок человека по имени Габей со временем стал Габеевым.

Фамилия редкая, её носители в основном встречаются на Северном Кавказе и в Поволжье — зонах, где веками пересекались тюркские и арабские влияния. В написании устойчиво сохраняется буква «е» в корне, что отличает её от фамилий с основой на «ай» (например, Габаев). Эта деталь помогает точнее определить, какое имя лежит в основе.