Фамилия Габаев — одна из тех, где за простым звучанием скрывается целый веер возможных значений, и её происхождение нельзя свести к единственной версии. Чаще всего её связывают с древнетюркским именем Габай — диалектной формой имени Абай. У тюркских народов Абай означает «старший брат, дядя, старший родственник», а у казахов и киргизов — ещё и «осторожный, внимательный». Логично предположить, что такое имя давали первенцу, желая ему стать заботливым и осмотрительным.

Однако есть и арабский след. По другой версии, Габай — это диалектный вариант имени Губай, которое переводится как «маленький раб божий, ребёнок». В таком случае имя могло быть пожеланием сыну вырасти достойным мусульманином.

Отдельная линия ведёт происхождение фамилии не от имени, а от прозвища. Украинское слово «габа» означает «турецкое сукно белого цвета», «покрывало», «оторочка» или «кайма», а в некоторых говорах — даже «волна». Габой могли прозвать торговца восточными тканями или человека, жившего у водоёма (если принять значение «волна»). Это прозвище относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на род занятий.

Ещё одна, менее распространённая гипотеза, возводит фамилию к древнееврейскому имени Габ (буквально «Бог есть моя сила») или Габай («обаяние, очарование, украшение»). Эта версия привязана к семитской ономастике, но в русском контексте встречается редко.

Среди известных носителей — Георгий Соломонович Габаев, военный писатель, автор трудов «Столетие военного министерства» и «Опыт краткой хроники родословной русских инженерных войск». Его фамилия — пример того, как тюркское или арабское имя могло закрепиться в русской среде, обретя славянский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Габая).