Фамилия Гардеев образована от мужского крестильного имени Гордий. В переводе с греческого оно означает «царь». В основу фамилии легла народная, производная форма этого имени — Гардей. В русской традиции такие усечённые или смягчённые формы были в ходу в быту: полное церковное имя Гордий в повседневной речи звучало как Гардей, отсюда и пошла фамилия с суффиксом -ев, указывающим на принадлежность («сын Гардея»).

Святой покровитель имени — мученик Гордий, римский воин III века. Во время гонений на христиан он открыто объявил себя последователем Христа, за что после пыток был обезглавлен. Его память чтится в православной традиции, и это придавало имени особую значимость среди верующих.

Важно, что фамилия Гардеев — не единственная в этом ряду. От того же имени Гордий через разные диалектные формы возникли фамилии Гордеев (самая распространённая), Гордиенко и Гардеев. Последняя встречается реже и часто закреплялась в тех регионах, где аканье или местные говоры смягчали начальный гласный: на юге России, в Поволжье или в среде казачества. Таким образом, Гардеев — не искажение, а закономерный вариант, зафиксированный в письменных источниках.

Потомок человека, которого в быту звали Гардей, со временем получал фамилию Гардеев. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, эта напрямую восходит к личному имени, а значит, её носители — потомки людей, носивших это старинное имя, которое впоследствии почти вышло из употребления.