Фамилия Габдеров — сравнительно редкая и почти всегда отсылает к арабскому или тюркскому миру через исламскую традицию. Её основа — арабское имя `Габдер` (или `Габдур`), которое, в свою очередь, является сокращённой формой от `Габдуррахман` или `Габдулла`. В переводе с арабского это означает «раб Всемилостивого» или «раб Аллаха». Имя это было широко распространено среди народов, принявших ислам, особенно у татар, башкир и других тюркских групп Поволжья и Урала.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русской адаптации тюркских фамилий: к основе `Габдер` прибавлен русский патронимический суффикс `-ов`. Такой суффикс в XIX — начале XX века массово присоединяли к именам и прозвищам при оформлении фамилий в метрических книгах и переписях. Иными словами, Габдеров — это «сын Габдера», что указывает на имя отца-основателя рода.

Географически фамилия тяготеет к регионам компактного проживания татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области, а также встречается у казахов. В дореволюционной России крестьяне и мещане из этих народов часто не имели наследственных фамилий до реформ второй половины XIX века, и Габдеров могла быть зафиксирована именно тогда, когда переписчик записывал человека по отцу — «Габдеров сын».

Интересная деталь: в отличие от фамилий с полным именем `Габдуллин` или `Габдрахманов`, форма `Габдеров` — результат усечения, характерного для живой речи. Это говорит о том, что в быту имя отца произносили сокращённо, без второй части, что и закрепилось в документе. Споров о происхождении здесь почти нет: арабский корень и тюркский контекст очевидны, а альтернативные версии (например, связь с неким тюркским словом) не имеют серьёзной опоры в ономастических словарях.