Фамилия Габдрафиковы ведет начало от тюркского мужского имени Габдерафик. В повседневной речи оно закрепилось в диалектном варианте — Габдрафик, который и лег в основу фамилии. Имя это составное, восточного происхождения. Первая часть, Габде, восходит к арабскому слову со значением «раб Аллаха». Вторая часть, Рафик, переводится с арабского как «друг, товарищ, спутник» или «добросердечный». Получается, что имя Габдерафик можно понять как «раб Аллаха добросердечного» или «раб доброго спутника» — в зависимости от смыслового ударения.

Русский суффикс -ов добавили к основе уже на русской почве, по стандартной модели: чей? — Габдрафиков, то есть сын или потомок Габдрафика. Так фамилия вписалась в привычную для восточных окраин Российской империи систему, где тюркские и арабские имена получали славянские окончания.

Фамилия распространена в Татарстане, Башкортостане и среди татарских общин в других регионах. Это типичная фамилия татарского и башкирского населения, принявшего ислам, — имя Габдерафик встречается в мусульманской среде Поволжья и Приуралья. Встречаются варианты написания с одной «ф» (Габрафиков) и с ударением на последний слог (Габдрафикóв), что отражает местные произносительные нормы.

О точном времени возникновения фамилии судить сложно — массовое закрепление фамилий у татар и башкир происходило в XIX — начале XX века, но отдельные носители могли получить фамилию и раньше, при переписях или после отмены крепостного права. Без конкретных генеалогических изысканий (метрических книг, ревизских сказок) определить, в каком именно селе или уезде впервые записали Габдрафиковых, невозможно.