Фамилия Габдукаев — редкий пример, где в основе лежит арабское имя, а сама фамилия образована по тюркской модели. Чтобы это понять, разберём её на части.

Корень фамилии — Габдукай. Это народная, сокращённая форма сложносоставного арабского имени Абдуллах (араб. عبد الله — «раб Аллаха»). В быту, особенно у башкир и татар, длинное имя сокращали, отбрасывая конец: так Абдуллах превращался в Абдуллу, а затем — в краткое Габдукай или Абдукай. Звук «г» в начале (Габдукай вместо Абдукай) — характерная черта башкирского произношения, где начальный «а» часто переходит в «г» с придыханием.

Суффикс -ев указывает на происхождение от отца. В русской канцелярской традиции, которая оформляла фамилии нерусских народов, к основе добавляли стандартные патронимические суффиксы -ов или -ев. Таким образом, Габдукаев буквально означает «сын Габдукая». Это типичный пример фамилии, которая закрепилась в XIX — начале XX века, когда у башкир, татар и других народов Поволжья и Урала начали массово записывать фамилии по отчеству.

Географически фамилия Габдукаев почти наверняка привязана к Башкортостану или к соседним регионам с большим башкирским населением (Оренбургская, Челябинская области). Встречается она нечасто, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, предки носителя фамилии жили в одной деревне или волости, где имя Габдукай было распространено в одном-двух родах.

Редкость фамилии в том, что она сохранила народную, бытовую форму имени, минуя книжный вариант «Абдуллин» или «Абдулаев». Если бы предка записали по полному имени, мы бы имели фамилию Габдуллин или Абдуллин. Но в случае Габдукаева перед нами — живой след устной традиции, где имя «обкаталось» в речи до короткого и удобного прозвища, которое и стало фамилией.