Фамилия Габуда — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и её происхождение приходится выводить не из официальной документальной традиции, а из прозвищного или иноязычного корня.

Скорее всего, основа «Габуд-» восходит к диалектному слову «габуда» или «габудить». В северных и сибирских говорах «габудить» означало «шуметь, галдеть, возиться» или «делать что-то небрежно, кое-как». Человек, получивший такое прозвище, мог быть непоседой, крикуном или, наоборот, нерадивым работником. В этом случае фамилия — типичное прозвище по характеру или поведению, которое закрепилось за родом без патронимического суффикса, что характерно для украинской, белорусской или западнорусской традиции (сравните: Нехода, Кривда, Губа). Окончание -а здесь не суффикс, а часть основы, и фамилия склоняется как существительное женского рода.

Вторая, менее вероятная, но лингвистически возможная версия — иноязычное происхождение. Корень «габ-» встречается в семитских языках (иврит, арамейский), где «гав» — «спина», «габуа» — «возвышенность», а в арабском «габда» — «раб» (от «абд»). Однако для того чтобы такая фамилия закрепилась в русской среде, её носители должны были быть выходцами с Кавказа, из Средней Азии или еврейских местечек, принявшими русское окончание -а. География фамилии сегодня — Россия, Украина, Беларусь — не даёт однозначного преимущества ни одной из версий, но первая, прозвищная, выглядит естественнее: она объясняет и отсутствие суффикса, и бытовую логику именования.

Словообразовательная модель — бессуффиксная, основа равна корню. Это ставит Габуду в один ряд с фамилиями, которые образованы напрямую от прозвища или имени, без дополнительных формантов. Такие фамилии в России чаще встречались у крестьян и мещан западных губерний, где приписка патронимических суффиксов не была обязательной.

Если ваши предки — Габуда, то с высокой вероятностью они происходят из среды, где прозвища давались по живому поведению, а не по отцу. Первый носитель мог быть шумным, неуживчивым или просто неаккуратным человеком — и это слово закрепилось за всем родом.