Фамилия Гадюнин звучит необычно и даже немного зловеще, но её происхождение гораздо прозаичнее, чем кажется на первый взгляд. В основе лежит слово «гадюка», но не в современном переносном смысле «злой человек», а в прямом — «змея». Однако в русских говорах у этого слова было и другое, более мирное значение: так могли называть маленькую, юркую рыбку (например, вьюна или гольца) или даже просто нечто мелкое и извивающееся. Прозвище Гадюня, от которого и образована фамилия, могли дать человеку за внешнее сходство с такой рыбкой — худощавому, подвижному, вертлявому.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Гадюнин, то есть сын или потомок Гадюни. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а/-я. Важно, что фамилия не несёт негативной оценки: в крестьянской среде прозвища давали по характерным чертам, и Гадюня могло быть чисто описательным, без намёка на коварство.

Встречается Гадюнин в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где названия рыб часто переходили в прозвища. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные примеры (например, Ершов, Окунев) разбираются как типичные «рыбные» фамилии, и Гадюнин стоит в том же ряду. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, не имел отношения к змеям — он мог быть рыбаком или просто получить прозвище за сходство с юркой рыбкой.