Фамилия Гадюнина звучит необычно и даже резковато, но её происхождение куда прозаичнее, чем может показаться на первый взгляд. В основе лежит слово «гадюка», которое в древнерусском языке имело более широкое значение — не только ядовитая змея, но и любая мелкая нечисть, а также бранное прозвище для злого, язвительного или «жалящего» человека. Однако не стоит спешить с выводами: прозвище Гадюка могли дать не за дурной нрав, а, например, за умение врачевать змеиные укусы или за то, что человек жил в местности, изобилующей змеями. В некоторых говорах «гадюкой» называли ещё и бойкую, пронырливую женщину — так что прозвище могло быть и женским.

Фамилия образована по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ин: к основе, оканчивающейся на гласный или мягкий согласный, добавляется притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность. Гадюнин — значит «сын Гадюки» или «из семьи Гадюки». Это одна из самых распространённых в России моделей, наряду с фамилиями на -ов/-ев. Интересно, что ударение в фамилии может падать как на второй слог (Гадю́нин), так и на третий (Гадюни́н) — это зависит от региональной традиции произношения, но в основе обычно ударение на «ю».

В ономастике встречается версия, что фамилия могла произойти не от прозвища, а от нецерковного имени Гадюка. На Руси такие «змеиные» имена (Змей, Гад, Уж) давали детям как обереги — считалось, что злое имя отпугнёт нечистую силу и болезни. Эта гипотеза менее вероятна, но имеет право на существование, особенно если учесть, что в старых писцовых книгах XVI–XVII веков фиксируются прозвища вроде Гадюка, Гадюкин.

Социальный статус первых носителей фамилии определить трудно: Гадюнины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях, где в местных говорах слово «гадюка» было в ходу. В отличие от фамилий вроде Змеев или Ужов, Гадюнина сохранила яркую экспрессивную окраску, и её носителям в прошлом, вероятно, приходилось сталкиваться с неоднозначной реакцией окружающих.