Фамилия Гаденина — редкий случай в русской ономастике, где суффикс -ин присоединяется к основе, которая не является ни крестильным именем, ни названием профессии. Вопреки первому впечатлению, корень здесь не «гад» в современном отрицательном смысле, а диалектное или старое слово «гад» — в значении «пресмыкающееся, змея, червь», а также, по Далю, «нечисть, мелкая живность». В говорах «гад» могло быть прозвищем человека — либо за внешнее сходство (худой, извивающийся), либо за характер (ядовитый, скользкий), либо за профессию, связанную с уничтожением змей или гадов (например, знахарь-змеелов).

Модель образования проста: прозвище Гадена (уменьшительная форма от «Гад» с суффиксом -еня, характерным для северных и сибирских говоров) + притяжательный суффикс -ин. Сравните: Гавря — Гавренин, Миня — Минин. То есть Гаденина буквально означает «дочь (или жена) Гадени». Суффикс -еня в русских прозвищах часто придавал оттенок ласкательности или, наоборот, иронии — как в фамилиях Козленя, Песеня.

Версия о происхождении от тюркского или финно-угорского корня маловероятна: фамилия не имеет характерных для таких заимствований огласовок (ср. Гаджиев, Гатиев). Скорее всего, это чисто русская фамилия, бытовавшая в северных областях (Архангельская, Вологодская губернии), где диалектное слово «гад» не несло резко негативной окраски, а означало любую ползучую тварь. Встречается она крайне редко — в списках носителей XVIII–XIX веков почти не фиксируется, что говорит о локальном бытовании в одном-двух уездах.

Современный носитель фамилии может столкнуться с тем, что окружающие воспринимают её как производную от «гадина» — но этимологически это неверно. Слово «гадина» появилось позже, в XVI–XVII веках, как усилительное от «гад», а фамилия Гаденина образована от более древнего прозвища, где корень ещё не приобрёл однозначно бранного смысла. По сословной принадлежности предки могли быть государственными крестьянами или однодворцами — в дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.