Фамилия Гафайзен — редкий пример немецкой фамилии, которая почти не встречается за пределами узкого круга потомков российских немцев. Её основа — немецкое слово «Hafen» (гавань, порт), а суффикс «-зен» указывает на происхождение от названия местности. В отличие от распространённых русских фамилий на -ов или -ин, Гафайзен сохраняет немецкую словообразовательную модель: это типичная топонимическая фамилия, образованная от названия населённого пункта, где жил предок.

Скорее всего, фамилия восходит к топониму «Гафен» (Hafen) — так могли называть деревню или хутор вблизи порта или речной пристани в Германии. Вторая часть, «-зен», — это суффикс, характерный для фамилий из северных и центральных земель Германии (например, Мюллерзен, Петерзен). Таким образом, Гафайзен буквально означает «родом из Гафена» или «житель Гафена». Альтернативная версия — связь с нижненемецким словом «Haf» (горшок, глиняная посуда), но она менее вероятна: суффикс «-зен» почти всегда привязан к географическому названию, а не к ремеслу.

В России фамилия Гафайзен появилась вместе с волнами немецких переселенцев в XVIII–XIX веках, когда Екатерина II и Александр I приглашали колонистов осваивать Поволжье, Причерноморье и Закавказье. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из протестантских общин, осевшими в немецких колониях. В советское время фамилия могла подвергнуться русификации написания: исходная форма «Hafaisen» или «Hafensen» превратилась в «Гафайзен» через адаптацию к кириллице.

Географически фамилия почти не встречается в современной Германии — она крайне редка и там. В России и странах СНГ её можно найти среди потомков немецких колонистов, особенно в Омской, Новосибирской областях и на Алтае, куда немцев депортировали в 1941 году. Учитывая редкость, каждый носитель фамилии Гафайзен — носитель локальной истории, связанной с конкретным поселением немецких переселенцев, название которого почти стёрлось из памяти.