Фамилия Гагеровы — редкий случай, когда прозрачная на первый взгляд основа оборачивается сразу несколькими версиями, и выбрать главную непросто. В центре спора — слово «гагер». Проще всего предположить, что в его основе лежит немецкое Gager — житель города Гагерн (Gagern) или человек, носивший прозвище от этого топонима. Немецкие корни у фамилии действительно вероятны: суффикс -ов указывает на обрусение, а в России XVIII–XIX веков немало выходцев из немецких земель оседало, получая фамилии по месту прежнего жительства.

Однако есть и другая, более редкая версия, связанная с русскими диалектами. В некоторых говорах «гагой» называли болтливого человека, крикуна, а «гагара» — не только птица, но и прозвище для того, кто издаёт резкие звуки или говорит громко и бестолково. Форма «Гагер» могла возникнуть как вариант просторечного «гагарь» или «гагара» с заменой суффикса. В этом случае фамилия — отчество от прозвища, данного за манеру речи или голос.

Третья, совсем локальная гипотеза: «гагер» — искажённое «гаер» (скоморох, шут). В старину гаерами называли балаганных артистов, и прозвище могло закрепиться за потомками таких людей. Слово «гаер» встречается у Даля и в литературе XIX века, но переход «ае» в «аге» — явление редкое, возможное скорее в устной речи, чем в документах.

Сам суффикс -ов указывает на патронимическую модель: Гагеров — буквально «сын Гагера». Это типично для фамилий, образованных от прозвищ или имён, и закреплялось в основном за крестьянами и мещанами. Дворянские корни у Гагеровых маловероятны — в родословных книгах эта фамилия не встречается.

Географически фамилия привязана к югу России и Поволжью: в документах XIX века Гагеровы фиксировались в Воронежской и Саратовской губерниях, что косвенно подтверждает и версию о немецких колонистах (в Поволжье их селили массово), и версию о русском прозвище (Воронежская область — зона распространения южнорусских говоров со словом «гага»). Однозначного ответа нет, но сочетание немецкого топонима и русской диалектной лексики — как раз тот случай, когда фамилия могла родиться на стыке культур.