Фамилия Гаидунко — один из тех случаев, когда написание вводит в заблуждение. Созвучие с «гадюкой» или «гадом» — ложный след. На самом деле перед нами украинская фамилия, образованная от прозвища, связанного с венгерским словом «гайда» (hajdú) — «пеший воин», «повстанец», «гайдук».

В XVII–XVIII веках гайдуками называли участников антитурецких и антифеодальных восстаний в Венгрии и на Балканах, а позже — вольных стрелков, разбойников или, в более мирном смысле, слуг в богатых домах (в России — лакеев). На украинских землях, особенно на Западной Украине и в Причерноморье, слово «гайдук» прижилось как прозвище для человека смелого, буйного или склонного к вольной жизни. От этого прозвища и пошли фамилии Гайдук, Гайдученко, Гайдуков и, с местным суффиксом, — Гаидунко.

Суффикс -ун- в основе «Гаидун-» — редкий и выразительный. В украинской (и шире — восточнославянской) антропонимии он часто указывает на деятеля с ярко выраженным качеством: бегун, крикун, хвастун. В случае с фамилией Гаидунко этот суффикс мог усиливать прозвище, подчёркивая характер носителя: «гайдун» — тот, кто ведёт себя как гайдук, удалой или своевольный человек. Окончание -ко — типичный украинский патронимический суффикс, который превращает прозвище в фамилию: «сын Гаидуна» или «потомок того, кого звали Гаидун».

Таким образом, Гаидунко — это украинская фамилия с чёткой словообразовательной логикой: прозвище Гайдун (от венгерского «гайда») + суффикс -ко. Географически она чаще встречается в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в южных регионах России. В отличие от более распространённого Гайдук, форма Гаидунко сохраняет оттенок диалектной или местной обработки слова — возможно, в говорах, где «гайдук» превращался в «гайдун» под влиянием других слов с этим суффиксом.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего — Гайдун (без суффикса -ко) и Гайдученко (с другим патронимическим суффиксом). Все они ведут к одному корню, но Гаидунко — самая редкая и локальная форма, указывающая на конкретный регион и особенности произношения.