Фамилия Гайдунко звучит для русского уха как украинская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко (в украинской транскрипции часто -енко, но по-русски пишется через «о») — один из самых распространённых патронимических формантов на востоке Украины. Он означает «маленький» или «сын»: Гайдунко — буквально «сын Гайдуна» или «потомок Гайдуна».

Основа Гайдун- — это усечённая форма от слова гайдук (или гайдамак). В XVII–XVIII веках на Правобережной Украине гайдуками называли легковооружённых пехотинцев, а также слуг в богатых панских дворах. Однако у этого слова есть и второй, более старый слой: на Балканах, откуда слово пришло в славянские языки, гайдук — это повстанец, партизан, борец против турецкой власти. Поэтому прозвище Гайдун могли дать человеку либо за службу в качестве вооружённого слуги, либо за характер — отчаянный, свободолюбивый, склонный к разбою или бунту.

Суффикс -ун в основе (Гайд-ун) — типичный для украинских и белорусских прозвищ, обозначающих деятеля по характерному действию или свойству. Например, бегун, крикун, говорун. Гайдун — тот, кто «гайдует», то есть ведёт себя как гайдук. Таким образом, фамилия образовалась не напрямую от нарицательного «гайдук», а через промежуточное прозвище, что делает её более народной и разговорной, чем, скажем, фамилия Гайдук.

Географически фамилия Гайдунко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской, Полтавской и Киевской. В России она редкая и, как правило, указывает на украинские корни предков. Сословного барьера у этой фамилии не было: гайдуками могли быть и казаки, и крестьяне, и шляхтичи (в польской шляхте гайдук — это слуга-оруженосец). Поэтому среди носителей фамилии могли быть представители самых разных слоёв, объединённых одним прозвищем предка.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко, которые в XIX веке часто «обрусевали» через замену окончания на -ов (Гайдунков), форма Гайдунко сохранилась в исходном виде. Это говорит о том, что фамилия закрепилась поздно, уже после того, как украинская антропонимическая модель с суффиксом -енко стала устойчивой и перестала восприниматься как «уменьшительная». Сегодня Гайдунко — это не «маленький гайдук», а полноценная фамилия, указывающая на родство с человеком по прозвищу Гайдун.