Фамилия Гайдунов имеет основу украинского происхождения. В основе фамилии – прозвище Гайдук. Гайдуками в XV-XIX вв. называли партизан, боровшихся против турецкого владычества, а также солдат придворной охраны. Обычно они были высокого роста, поэтому прозвище Гайдук мог получить и высокий человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гайдук, со временем получил фамилию Гайдунов.